Bioinformatikai egysorosak
Az alábbiakban összeszedtünk pár oneliner-et a teljesség igénye nélkül. Az awk, valamint a sed a két leggyakrabban használt parancs, amely a linux-os rendszerekben általában megtalálhatóak.
FASTQ -ból FASTA
sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' file.fq > file.fa
Átlagos read hossz a Fastq fájlban
awk 'NR%4==2{sum+=length($0)}END{print sum/(NR/4)}' input.fastq
Szekvenciák száma egy fasta fájlban
-cat minta.fasta | grep -c ">"
Szekvenciák száma egy fastq fájlban
cat minta.fastq | echo $((`wc -l`/4))