Fastq feldolgozás Seqtk programmal

Fastq feldolgozás Seqtk programmal
fastq

Seqtk – fastq feldolgozás

A Seqtk egy egyszerű program, amellyel fastq fájlokon véghezhetünk egyszerű műveleteket.

Telepítése könnyű, github-ról letöltve az alábbi paranccsal már használhatjuk is.

git clone https://github.com/lh3/seqtk.git
cd seqtk
make

Számos funkció elérhető a seqtk-n belül:

fastq feldolgozás seqtk programmal

seqtk fastq

 

Egyedüli függőséggént a zlib könyvtárat kelltelepíteni, ha még nincs telepítve.

Példák

  • FASTQ -ból FASTA
seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa
  • Szűrés read nevek alapján, amelyek soronként a nevek.lst fájlban vannak
seqtk subseq in.fq nevek.lst > out.fq
  • Random mintavétel a fastq fájlból, összesen 1000 read
seqtk sample -s100 in.fq 1000 > out.fq

Leave a reply