Seqtk – fastq feldolgozás

A Seqtk egy egyszerű program, amellyel fastq fájlokon véghezhetünk egyszerű műveleteket.

Telepítése könnyű, github-ról letöltve az alábbi paranccsal már használhatjuk is.

git clone https://github.com/lh3/seqtk.git
cd seqtk
make

Számos funkció elérhető a seqtk-n belül:

seqtk fastq

Egyedüli függőséggént a zlib könyvtárat kelltelepíteni, ha még nincs telepítve.

Példák

FASTQ -ból FASTA

seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa

Szűrés read nevek alapján, amelyek soronként a nevek.lst fájlban vannak

seqtk subseq in.fq nevek.lst > out.fq

Random mintavétel a fastq fájlból, összesen 1000 read

seqtk sample -s100 in.fq 1000 > out.fq

Fastq emoji

Fastqe egy egyszerű program (python nyelven), amellyel minden egyes pozicióra kiszámolhatjuk az átlag, valamint a min/max minőség értékeket és azokat emojiként jeleníti meg.

fastq minőség értékek emoji

Telepítés és használata:

A pip-el könnyen telepíthetjük:

pip install fastqe

Használata is egyszerű:

fastqe [--bin] [--min] [--max] [FASTQ_FILE ...]

Példa

fastqe test.fastq

fastqe --min test.fastq

fastqe --max test.fastq

Ha a --bin argumentumot is megadjuk, akkor az alábbiak szerint jeleníti meg az egyes minőségi értékeket.

Bin	Emoji
N	🚫
2-9	💀
10–19	💩
20–24	⚠️
25–29	😄
30–34	😆
35–39	😎
≥ 40	😍

Tag Archives

Fastq feldolgozás Seqtk programmal