Anyfasta - bionformatikai fájlok átalakítása fasta formátumba

2025-03-11

#software

Az Any2fasta következő formátumokat támogatja input-ként:

  • Genbank: .gb, .gbk, .gbff (starts with LOCUS)
  • EMBL: .embl, (starts with ID)
  • GFF szekvenciával: .gff, .gff3 (starts with ##gff)
  • FASTQ DNS: .fastq, .fq (starts with @)
  • CLUSTAL: .clw, .clu (starts with CLUSTAL or MUSCLE)
  • STOCKHOLM: .sth (starts with # STOCKHOLM)
  • GFA: .gfa (starts with ^[A-Z]\t)

A fájlok lehetnek tömörítettek is: gzip (.gz), bzip2 (.bz2), zip (.zip)

Példák

 any2fasta ref.gbk > ref.fna 
 any2fasta in.fasta > out.fasta  # should behave like "cat"
 any2fasta prokka.gff > prokka.fna  # only if GFF has FASTA appended
 any2fasta - < file.gb > file.fasta  # '-' means stdin
 anyfasta genes.gff.gz > genes.ffn  # automatically decompresses
 any2fasta 1.gb 2.fa.gz 3.gff.bz2 - > out.fa  # multiple files and stdin
 any2fasta R1.fq.gz | bzip2 > R1.fa.bz2  # 'seqtk seq -A' is much faster
 any2fasta -q 23S.clw > 23S.aln  # gaps '-' will be preserved
 any2fasta pfam4321.sth > pfam4321.aln  # '.' gaps will become '-'

Telepítés

Telepítése egyszerű:

git clone https://github.com/tseemann/any2fasta.git
cd any2fasta
./any2fasta

További információk a fejlesztők weboldalán:

https://github.com/tseemann/any2fasta

Vissza